棋魂佐为消失是第60集。
对于很多粉丝来说，漫画棋魂中佐为的消失是很让人不能接受的，但事实就是佐为的消失是必然的。佐为能附身是因为棋盘上血迹，血迹没了，佐为就会消失。佐为领悟到，神明让他在人间滞留千年的时光，就是为了让小光看到这一局棋。就在这局之后，佐为开始发觉自己一直停滞的时间开始流动。作为印证，进藤光发现佐为附身的棋盘上血迹变淡了。
后来佐为发现，自己在人间的时日已经无多，他多次提醒光，希望在最后的一段时间里能一直跟光下棋，但光一再认为佐为只是杞人忧天，并没有理会佐为的话。一天，光在与佐为下棋时突然发现整日与自己形影不离的佐为失去了踪影。他以为佐为只是去找秀策，便跑到所有跟秀策有关的地方，一个接着一个地找，却没有结果。光茫然若失，在棋院看到秀策（其实是佐为）的棋谱后，他终于明白为什么秀策一直给佐为下棋，光因为觉得如果自己再下棋的话，佐为就不会再回来，所以光决意不再下棋。
伊角从中国棋院回到日本，前来探望光，他再三要求与光对局，终于打动了光。手执棋子的刹那光不禁泪如泉涌，他突然明白了，原来佐为早已融入了自己的棋中。光知道见佐为的唯一方法就是下棋时，他重新下起围棋。